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10月1日减除费用标准调整后，自然人税收管理系统是否会自动调整？

系统会根据税法规定进行调整设置，扣缴义务人应根据工资的所属月份选择对应的税款所属期申报。

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2018年10月申报9月份工资的纳税人，个人所得税可以减除5000元的基本减除费用吗？

答：根据新个人所得税法和《财政部 税务总局关于2018年第四季度个人所得税减除费用和税率适用问题的通知》（财税〔2018〕98号）规定，单位10月1日后实际发放的工资适用5000元基本减除费用和新的税率表。

按照现行个人所得税法，扣缴义务人每月所扣的税款，应当在次月15日内缴入国库，并向税务机关报送纳税申报表。对于9月正常发放的工资，相应税款在10月申报期内申报缴纳，不适用5000元/月基本减除费用标准。

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个人所得税改革后的基本减除费用标准是多少，执行时间是何时？

答：新个人所得税法的施行时间为2019年1月1日。为向百姓提前释放改革红利，根据新个人所得税法和《财政部 税务总局关于2018年第四季度个人所得税减除费用和税率适用问题的通知》（财税〔2018〕98号）规定，对纳税人在2018年10月1日（含）后实际取得的工资薪金所得，减除费用统一按照5000元/月执行，并适用新税率表；对个体工商户业主、个人独资企业和合伙企业自然人投资者、企事业单位承包承租经营者2018年第四季度取得的生产经营所得，减除费用按照5000元/月执行。

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9月份的工资10月份发放（10月1日后发放的工资），是否可以享受5000元的基本减除费用和新税率？

答：根据新个人所得税法和《财政部 税务总局关于2018年第四季度个人所得税减除费用和税率适用问题的通知》（财税〔2018〕98号）规定，纳税人10月1日后实际取得的工资薪金所得，适用5000元基本减除费用和新的税率表。纳税人9月份工资在10月份实际取得，可以享受5000元的基本减除费用和新税率表。

但是需要提醒的是，工资薪金所得是按月计税，如果10月份再发放第二次工资，需要与第一次工资所得合并计税，不能再扣减一次5000元了。