纳税人应按规定进行土地增值税的纳税申报，扣除项目金额按清算时的单位建筑面积成本费用乘以销售或转让面积计算。单位建筑面积成本费用＝清算时的扣除项目总金额÷清算的总建筑面积又根据《国家税务总局关于简并税费申报有关事项的公告》（ 国家税务总局公告2021年第9号）附件2《财产和行为税税源明细表》中“土地增值税税源明细表”的“填表说明”明确：“五、从事房地产开发的纳税人清算后尾盘销售适用……（二）表中项目……6.第7栏“单位成本费用”。单位成本费用=清算申报时或清算审核确定的扣除项目金额÷清算的总已售面积。公式中的“扣除项目金额”不包括清算时扣除的“与转让房地产有关的税金”
国税发〔2006〕187号文件授权各省税务机关可依据该通知的规定并结合当地实际情况制定具体清算管理办法。 以安徽为例，根据《安徽省土地增值税清算管理办法》 第四十九条规定，土地增值税清算时未转让的房地产，清算后销售或有偿转让的（以下简称清算后转让的），纳税人应按月汇总进行土地增值税纳税申报。申报时，扣除项目金额按清算时的单位建筑面积成本费用(不含与转让房地产有关的税金)乘以清算后转让的面积再加上清算后转让时缴纳的与转让房地产有关的税金计算。单位建筑面积成本费用(不含与转让房地产有关的税金)=房地产开发项目总扣除项目金额（不含与转让房地产有关的税金）÷房地产开发项目的总建筑面积
安徽甲房地产开发公司开发A项目的总建筑面积为45000㎡，截止2017年11月底销售面积为40500㎡，取得不含增值税收入40500万元；已售部分对应的扣除项目金额合计29013.75万元(不含与转让房地产有关的税金，且已经主管税务局清算审定)；尚余4500㎡房屋未销售。2018年2月底，公司将剩余4500㎡房屋打包销售，收取不含增值税收入4320万元。转让时缴纳的与转让房地产有关的税金为28万元。计算甲公司清算后销售业务应纳土地增值税。解：根据国税发〔2006〕187号第八条、《安徽省土地增值税清算管理办法》第十九条规定，结合国家税务总局公告2021年第9号填表说明，甲公司尾盘销售，单位建筑面积成本费用=清算申报时或清算审核确定的扣除项目金额÷清算的总已售面积1.单位成本费用=29013.75÷40500＝0.72（万元）（1）扣除项目金额＝0.72×4500+28＝3268（万元）（2）增值额＝4320－3268＝1052（万元）（3）增值率＝1052÷3268×100%＝32.19% （4）应纳土地增值税＝1052×30%＝315.6（万元） 甲公司应按月汇总进行土地增值税尾盘销售的纳税申报，逾期需要加收滞纳金。